卵巢囊腫是充滿液體的水囊，會於卵巢內部或表面形成，是生育年齡婦女常見的疾病。當中可以分為兩大類別：

即女性排卵時形成的水囊，屬良性。女性每個月排卵時，卵巢內會有卵泡爆破、釋出卵子。如卵子未能成功受精，就會有月經。生理性水囊是自然現象，接近更年期前的婦女由於排卵不定時，生理性水囊更為常見，但經過一段時間會自行消散。因此就算診斷出卵巢內有水囊、水泡，亦毋須過份擔心。患者可于生理期剛完結後，再次以超聲波掃描（Ultrasound Scan）檢查，從而確定是否生理性水囊。

與排卵無關，主要是卵巢細胞異常增長所致。最常見為朱古力瘤，其次為畸胎瘤。朱古力瘤是卵巢出現子宮內膜異位，形成充血的囊腫，經過日積月累成深啡紅色，因其色彩外貌而俗稱為朱古力瘤；畸胎瘤則是卵巢上殘餘的胚胎細胞，於不明原因下再演化生長，故此只會增長、不會自行退散。